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Generate Idiom Network from Amino Acid Sequence
Extract Common Subgraphs between Two Networks
Generate Idiom Networks from Species Lists
Compare Species from ....
Extract Common Subgraphs among Many Networks

Idiom Network Generator の概要   Outline of Idiom Network Generator

アミノ酸配列に含まれるSCS慣用句(Idiom)を用いてIdiom Networkを作成します。その際、SCSはネットワークのノードとして、SCS慣用句はネットワークの枝として表現されます。 SCS慣用句の存在確率によって、Idiom Networkに枝として残すかどうかを決められるようにしています。
An idiom network is generated by combining the SCS idioms extracted from a given amino acid sequence, where an SCS and an idiom correspond to a node and an edge, respectively. In this tool, we can control which edges are generated based on the existence probability in the database.

使い方   Quick start guide
(1) アミノ酸配列を入力します。   Input an amino acid sequence.
(2) 生成する枝を決めるため基準となる存在確率を選びます   Choose a criterion, existence probability and higher/lower, to generate edges.
(3) 生成する枝の割合を指定します。   Set a ratio to select edges based on the selected criterion in (2).
(4) 「Generate」ボタンを押します。   Push "Generate".


慣用句の利用度に基づく配列分析システム   Sequence analysis based on availability scores of idioms

(1) アミノ酸配列を入力します。   Input an amino acid sequence.

(2) Idiom Networkに残す枝の基準を選びます。   Choose a type of criterion to determine which edges are generated.

(3) 残す枝(SCS慣用句)の割合を指定します。(2)で選択した値が、データベース内でここで指定する割合の範囲内にある枝のみが生成されます。   Set the ratio of the edges (SCS Idioms). Only the edges are generated in which the value set in (2) is high (or low) enough in the database based on the specified ratio.

(4) 「Generate」ボタンを押します。   Push "Generate".

概要   Abstract

複数のアミノ酸配列のIdiom Networkに共通する部分グラフを抽出し,ランキング形式で表示します。
The service extracts and shows common subgraphs and the maximum common components between the idiom networks generated from given multiple amino acid sequences.

使い方   Quick start guide
(1) 比較したいアミノ酸配列を入力します。   Input an amino acid sequence.
(2) 生成する枝を決めるため基準となる存在確率を選びます   Choose a criterion, existence probability and higher/lower, to generate edges.
(3) 生成する枝の割合を指定します。   Set a ratio to select edges based on the selected criterion in (2).
(4) 抽出する共通部分グラフのサイズの下限値(ノード数)を指定します。例えば3と入力するとノード数が3以上の共通部分グラフのみを抽出します。負の値を入力すると最大サイズの共通部分グラフを抽出します。  Input the lower-bound of the common subgraph size in the number of nodes. For example, if you enter 3, we will extract the common subgraphs with at least 3 nodes. If enter negative value, find the intersection of the largest size.
(5) 「Extract」ボタンを押します。 長い時間を要する場合があります。  Push "Extract".




(2) Idiom Networkに残す枝の基準を選びます。   Choose a type of criterion to determine which edges are generated.

(3) 残す枝(SCS慣用句)の割合を指定します。(2)で選択した値が、データベース内でここで指定する割合の範囲内にある枝のみが生成されます。   Set the ratio of the edges (SCS Idioms). Only the edges are generated in which the value set in (2) is high (or low) enough in the database based on the specified ratio.



  Input the lower-bound of the common subgraph size in the number of nodes. For example, if you enter 3, we will extract the common subgraphs with at least 3 nodes. If enter negative value, find the intersection of the largest size.


  Input ~.


(6) 「Extract」ボタンを押します。抽出には長い時間がかかることがあります。   Push "Extract". Sometimes you may have to wait for a long time.


概要   Abstract

選択した種が持つタンパク質を慣用句ネットワークとして表示します。 Show the idiom network which you select the protein.
使い方   Quick start guide
(1) 種を一つ選択します   Select a species.
(2) 出力したいタンパク質を一つ選択します。   Select a protein which you want to show.


慣用句ネットワーク   Idiom network

(1) 慣用句ネットワークとして出力したいタンパク質を持つ種を選択します。   Select a species which you want to show the idiom network.
   

(2) 慣用句ネットワークとして出力したいタンパク質を選択します。   Select a protein data which you want to show as a network data.
   
   種を選択してください。   Select a species.



※ タンパク質IDを直接入力するフォーム。





保存データの比較(種) Compare data made by user and data of species.

指定した種を複数の種と比較することで、他の種にはない、その種に特異的なアミノ酸組を抽出します。
You can extract species-specific amino acid sequences by comparing with other species.

使い方   Quick start guide
(1) 比較したいデータを選択します。   Select one data from the list of data made by users.
(2) 比較対象とする種を選択します。(複数選択可、10種まで)   Select one or more species to compare to data which you selected above.
(3) 結果に表示する件数を指定します。   Select the number of results to be show.
(4) 「Done」ボタンを押します。解析には長い時間がかかることがあります。   Push "Done". Sometimes you may have to wait for a long time.








(3) 結果に表示する件数を指定します。   Select the number of results to be show.
・上位 位まで表示する。   Select the number of top specific sequences to be show.

(6) 「Done」ボタンを押します。抽出には長い時間がかかることがあります。   Push "Done". Sometimes you may have to wait for a long time.


概要   Abstract

選択した種からランダムに得たアミノ酸配列から他頻度共通部分グラフを求めます Show .
使い方   Quick start guide
(1) 種を入力します   Input a species.
(2) 使用するアミノ酸配列の個数を入力します。   Input.
(3) 表示する上位の数を入力します。   Input.




(2) 使用するアミノ酸配列の個数を入力します   Choose .

(3) 表示する上位の数を入力します。0にするとすべて出ますがめっちゃでるぞ!   Choose .

(4) keywordを指定   Input .


(4) 「Done」ボタンを押します。抽出には長い時間がかかることがあります。   Push "Done". Sometimes you may have to wait for a long time.